Ubuntu11.10上に、RでMySQLを使える環境を作る

統計解析が必要な業務が発生し、Rを使うしかなさそうなので、
Ubuntu11.10上で、RでMySQLを使える環境を作ってみました。

まずMySQLをインストールする。

$ sudo apt-get install mysql-server

インストールしたら、default-character-set を適切な文字コードに設定しておいた方が良いかと。
設定内容はここなどを参考にさせていただければと。
http://slumbers99.blogspot.com/2010/11/ubuntu-mysql.html

$ sudo vi /etc/mysql/my.cnf
$ sudo /etc/init.d/mysql restart

RMySQL
を参考にRMySQLのインストールを試みる。

$sudo R
> install.packages("DBI")
> install.packages("RMySQL")

しかし、RMySQLのインストールに失敗する。 以下のような感じで怒られる。

Configuration error:
  could not find the MySQL installation include and/or library
  directories.  Manually specify the location of the MySQL
  libraries and the header files and re-run R CMD INSTALL.

INSTRUCTIONS:

1. Define and export the 2 shell variables PKG_CPPFLAGS and
   PKG_LIBS to include the directory for header files (*.h)
   and libraries, for example (using Bourne shell syntax):

      export PKG_CPPFLAGS="-I"
      export PKG_LIBS="-L -lmysqlclient"

   Re-run the R INSTALL command:

      R CMD INSTALL RMySQL_.tar.gz

2. Alternatively, you may pass the configure arguments
      --with-mysql-dir= (distribution directory)
   or
      --with-mysql-inc= (where MySQL header files reside)
      --with-mysql-lib= (where MySQL libraries reside)
   in the call to R INSTALL --configure-args='...'

   R CMD INSTALL --configure-args='--with-mysql-dir=DIR' RMySQL_.tar.gz

ERROR: configuration failed for package ‘RMySQL’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/RMySQL’

ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
     ‘/tmp/RtmpKb6C3d/downloaded_packages’
警告メッセージ：
In install.packages("RMySQL") :
   パッケージ '‘RMySQL’' のインストールは、ゼロでない終了値をもちました

MySQLのincludeディレクトリとlibディレクトリを指定しろ、 ってことらしいが、 includeディレクトリがそもそも見つからない。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/ja/installation-layouts.html
ここに標準のディレクトリが記載されているが、 /usr/include/mysql 自体がない。
いろいろ調べてみると、libmysqlclient-dev パッケージが無いのがダメっぽい。 インストール。

$ sudo apt-get install libmysqlclient-dev

再度RMySQLをインストールしてみる。

> install.packages("RMySQL")
パッケージを ‘/usr/local/lib/R/site-library’ 中にインストールします
(‘lib’ が指定されていないので)
--- このセッションで使うために、CRANのミラーサイトを選んでください ---
Tcl/Tkインターフェースのロード中   終了済
URL 'http://cran.ism.ac.jp/src/contrib/RMySQL_0.8-0.tar.gz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 160735 bytes (156 Kb)
開かれた URL
==================================================
downloaded 156 Kb

* installing *source* package ‘RMySQL’ ...
checking for gcc... gcc
・
・
・
** testing if installed package can be loaded

* DONE (RMySQL)

ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
     ‘/tmp/RtmpMOcKI7/downloaded_packages’

よし、成功。 実際に接続してみる。

> library(RMySQL)
要求されたパッケージ DBI をロード中です
> m <- dbDriver("MySQL")
> dbconnector <- dbConnect(m, host="localhost", dbname="itemdb_test", user="item", password="item")
> query.result <- dbSendQuery(dbconnector, "select * from item")
> item.table <- fetch(query.result)
> dbDisconnect(dbconnector)
[1] TRUE
>
> item.table
   item_id                            url domain_age_day a_strlen_rate
1           1                                             0          0.00
2           2                                             0          0.00

RからMySQLのデータをSELECTできました。